｢この中に宇宙人、未来人、超能力者がいたら、あたしのところに来なさい。以上！｣入学早々、時を止めるような挨拶をした涼宮ハルヒ。そんなSF小説じゃあるまいし…と、誰でもそう思う…。しかしハルヒは心の底から真剣だった。それに気づいたキョンをとりまく日常は、もうすでに超常になっていた…。涼宮ハルヒが団長の学校未公式団体｢SOS団｣が繰り広げるSF風味の学園ストーリー。

クリスマスが間近に迫ったある冬の日。学校に向かったキョンはいつもの日常と違うことに気づく。後ろの席にいるはずのハルヒがいない…。さらに驚くべき事に、その席に座っていたのは、（『憂鬱』にて）キョンを殺そうとして長門に消滅させられたはずの朝倉だった！

北高文芸部に所属するフツーの女子高生・長門有希は、同じく文芸部員のキョンに秘めた想いを抱く内気な女の子。親友の朝倉涼子の助けを借りつつ、部室でクリスマスパーティーを行うべく奮闘するのだが…!?